SuperAmp™ Service ( #160-000-936 )

SuperAmp™ Service

Description

Gene expression profiling
from 1 – 10,000 cells
MACS^® Technology で分離した細胞、レーザーマイクロダイセクション法で採取した細胞、フローサイトメトリーでソートした細胞、組織バイオプシーや初代細胞などの遺伝子発現解析が、SuperAmp™ Service を利用することで数個の細胞からでも可能になります。わずかな細胞からでもRNA を単離・増幅することができます。

Send your sample...
SuperAmp™ Preparation Kit をお届けします。これは、サンプルの溶解と保存を、安全かつ簡単に行うための容器です。容器に入れたサンプルは、ミルテニーバイオテク株式会社東京オフィスまで、ドライアイス発送してください。

...and receive ready-to-publish data
サービスチームでは RNA の単離と増幅に引き続いて、Agilent Whole Genome Microarrays、または、カスタマイズも可能で研究領域ごとにチップの用意されている PIQOR™ Microarrays を行います。さらに、データを深く掘り下げる、bioinformatic analysis も提供しています。約１ヵ月後には、レポートをまとめた冊子と解析結果をお届けします。

Applications

Unique RNA amplification protocol
SuperAmp Service では、mRNA 由来の cDNA を増幅するために global PCR 法を用います。mRNA は、磁気ビーズ法により効率よく単離します。微量 RNA のリニア増幅を実現し、PCR バイアスを避けるために、すべての転写産物に同一のアニーリング条件でのSingle-primer global PCRを行い、またcDNA 断片の長さを一定に生成しています。

Detection of differentially expressed genes down to a single cell
図１に示している実験例では、1; 10; 100; 1,000; 10,000; および 10⁷ 個の Jurkat または Raji 細胞から、それぞれ mRNA を抽出しました。逆転写反応の後、cDNA を全体的に増幅・ラベルして、ヒト PIQOR Immunology Microarrays にハイブリダイゼーションしました。
Figure 1 のクラスター解析の結果、スタートのサンプル量が異なっていても、発現プロファイルに実質的な差はないことが示されました。mRNA 増幅をしていない 10⁷ 個の細胞からスタートした場合と比較して、10,000 個～1 個の細胞からスタートした場合でも、遺伝子発現の差異が再現性良く検出されました。

Expression profiling analysis of NK cell subsets
図3では２名のドナーより、MACS Technology を用いて４種類のナチュラルキラー細胞サブセット、CD56⁺CD16^– 細胞; CD56^dimCD16⁺ 細胞; CD56⁺CD8⁺ 細胞; CD56⁺CD8^– 細胞を精製しました。それぞれ 1,500 個の細胞から SuperAmp™ Protocol に従って mRNA を単離・増幅し、ヒト PIQOR™ Immunology Microarrays を使用して解析を行いました。Figur 3 のクラスター解析では、CD56⁺CD16^– 細胞が、他のサブセットに比べて最も差異の大きいことが示されました。差異の認められた遺伝子のうち主要なものを、パネル１ではダウンレギュレートされた遺伝子について、パネル２ではアップレギュレートされた遺伝子について示しています。

Logistics

Order...
SuperAmp Service は、PIQOR Microarray Service Plus Amplification あるいは Agilent Whole Genome Microarray Service と組み合わせてのオーダーとなります。

...receive SuperAmp Preparation Kit...
まず、SuperAmp Preparation Kit をお手元にお届けします。これにサンプルを入れ、即座に－７０℃で凍結してください。サンプルの溶解と保存には、お届けする Preparation Kit のみをご使用下さい。

...and ship samples
サンプルは、ミルテニーバイオテク株式会社東京オフィスにドライアイス発送してください。詳しくは、お問合せください。

Figure 1

Cluster Analysis
Jurkat versus Raji cells with different amounts of starting material.

Gene expression:
red = increase;
green = decrease;
black = no alteration;
gray = no signal detection.
x-axes: array experiments;
y-axes: gene names.

Figure 2

Pearson correlation coeffcient of repeated microarray experiments shows that the results are technically and biologically reproducible down to 100 cells. Below 100 cells, the reproducibility is reduced due to the enhanced influence of individual cells.

Figure 3

Cluster Analysis
Four NK cell subsets from two donors.

Gene expression:
red = increase;
green = decrease;
black = no alteration;
gray = no signal detection.
x-axes: array experiments;
y-axes: gene names.