Pathway Analysis Service
Service description Finding the biological meaning for gene clusters パスウェイ解析サービスでは、プライマリーなマイクロアレイデータを意味のある結果へと変換します；そのため生物学的な尺度に基づいた発現プロファイルの評価が可能です。パスウェイ解析サービスは、種々のサービスモジュール、すなわち、Data Pre-processing、Discriminatory Genes Analysis あるいは Cluster Analysisに基づいて行います。パスウェイ解析サービスでは、生物学的アノテーション解析やシグナルネットワーク解析を行います。また、このサービスには、遺伝子リストのfunctional groupingも含まれており、その結果は、データを格納したCD/DVD-ROMと詳細なサービスレポート書類に記載されて納品されます。 Annotation enrichment analysis Cluster 解析もしくはDiscriminatory Genes 解析に基づき、独自のTreeRanker ソフトウェアを用いたannotation enrichment analysisでは、共に制御される遺伝子のグループ内に、有意に濃縮されているアノテーションを見出します。このような生物学的機能もしくは特徴の例としては： • 同じパスウェイに関与している遺伝子グループ • 染色体上の位置が近接している遺伝子グループ • 同じ疾患あるいは細胞プロセスに相関のある遺伝子グループ • 共通のタンパク質モチーフをもつ遺伝子グループ 各遺伝子に関して、シグナルネットワーク解析によるさらなる解析が可能です。 Signaling network analysis シグナルネットワーク解析では、目的の遺伝子あるいはその産物であるタンパク質が、相互作用しているか否か、どのように相互作用しているのかを可視化します。共通の直接的な制御因子や下流の標的因子を見出すことができ、活性化と抑制とを区別することが出来ます。この解析は、パスウェイ解析と可視化のための PathwayArchitect™ Software (Agilent Technologies) を用い、生物医学的文献に基づいて行われます。 アルゴリズムの次にパスウェイ解析に欠かせないものは、利用できるデータソースの質です。まず、市販されているデータベースや公共のデータベースをインポートしています。その上にさらに、Miltenyi Biotec 社のバイオインフォマティクス専門家によって独自のデータソースが作成されています。すべてのデータソースは、常にアップデートされています。 下記の バイオインフォマティクスサービスの “File formats for data analysis” (PDF)に記載のリクエストをお読みになり、発現データをお送りください。 このサービスに必要なデータセットは、前段階の解析に依存します。前段階がクラスター解析の場合には３データセット、前段階がディスクリミナトリー解析の場合には６データセットが必要です。		Figure 1 Signaling network analysis The network analysis shows known interactions and biological processes for the genes of interest. In addition, this method can find regulators or targets that were not present on the microarray. Figure 2 Signaling network analysis The example shows the genes of interest (green circle) and their interacting molecules. The mode of interaction is illustrated by the connecting lines between the molecules. A blue line depicts binding, while a blue arrow stands for the regulation of gene expression. Grey arrows with green boxes represent regulation in general and grey arrows with orange circles indicate protein modifications.

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